Forskningen på APEN består af ét hovedprojekt, Aktivitets- og sundhedsfremmende fysiske miljøer og et antal delprojekter. Hovedprojektet udgør de grundlæggende teoretiske og begrebslige rammer og sikrer synergi mellem de øvrige delprojekter. Disse fokuserer på forskellige skalaer og aspekter af fysisk inaktivitet og går i dybden med centrale, afgrænsede problemstillinger.
Mens hovedprojektet identificerer og formulerer overordnede teorier, udvikler metoder og peger på fremtidig forskning, der har interesse ikke alene i national kontekst men også i en global, går delprojekterne i dybden med tydeligt afgrænsede men også relaterede spørgsmål. Der er pt. tre delprojekter i APEN, men der arbejdes kontinuerligt på at etablere andre forskningsprojekter med klar relation til det overordnede tema. De aktuelle delprojekter kan ses under Forskningsprojekter.